Андрей Малахов появился на свет 11 января 1972 года в маленьком городке Апатиты на севере страны. Его отец, работавший геофизиком, попал в эти края по распределению. Мать работала в детском саду и даже получила за трудовую деятельность медаль.
Черты лица Андрей он унаследовал от отца, а также от него получил свою импульсивность и статность. На собственном примере отец Малахова воспитывал сына деликатным и вежливым человеком. При этом Андрей получил неиссякаемый запас внутренней энергии от своей матери. По его словам, в детстве он был разгильдяем и ботаником одновременно. Кстати, учился Андрей в одном классе с известным DJ Грувом.
Первая школьная учительница Малахова рассказывала, что с юных лет мальчишка был смышленым и находчивым. Например, вместо традиционного сочинения «Как я провел лето», Малахов исполнил у доски композицию своего кумира Аллы Пугачевой "Лето, ах, лето!".
Малахов с детства был общественным активистом и был во главе отряда октябрят, а затем возглавлял пионеров. Обучаясь в общеобразовательной школе, Андрей учился играть на скрипке в музыкальной школе. Занимался музыкой Малахов без энтузиазма. По его словам, на показательных выступлениях перед родителями его всегда выпускали в начале, чтобы он в середине или конце не испортил все впечатление своей игрой. Позднее его ставили ведущим, а на афишах писали его имя. Малахову это очень нравилось.