В марте 1992 года появился первый мини-альбом под названием Opiate. В него вошли шесть тяжелых композиций, среди которых "Opiate" и "Hush". Первый клип на трек "Hush" показал отношение музыкантов к компании Parents Music Resource Center и ее пропаганде цензуры музыки.
Tool начали выступать на сценах с такими звездами, как Rage Against the Machine, Fishbone и Rollins Band. Первый полноценный альбом группы получил название Undertow. По звучанию он отличался от предыдущего релиза Opiate и включил песни, которые в него не попали. Позже музыканты выступили на фестивале Lollapalooza. Серия фестивальных концертов повысила популярность группы, а альбом Undertow стал золотым в 1993 году, а в 1995 получил платину. В то время многие организаторы старались заказать выступление Tool на частные мероприятия.
В 1995 году группа начала работать над новой студийной пластинкой, но из состава ушел бас-гитарист Пол Д’Амур, занявшийся сольной карьерой. На его место взяли Джастина Чанселлора из группы Peach. Выпуск второго полноформатного альбома с заголовком Ænima состоялся в сентябре 1996 года. Он несколько раз становился платиновым. Продюсером выступил Дэвид Боттрилл, который до этого работал с группой King Crimson. Музыканты посвятили эту пластинку комику Биллу Хиксу, который умер двумя годами ранее.
В октябре 1996 года музыканты отправились в тур в поддержку нового альбома через две недели после его релиза. После множественных выступлений в Америке и Европе, группа отправилась в Новую Зеландию и Австралию. На 1 апреля 1997 года коллектив решил разыграть поклонников, опубликовав новость об аварии с тур-автобусом, в результате которой трое участников коллектива находятся в критическом состоянии. Фанаты восприняли эту шутку неоднозначно, а музыканты впоследствии принесли свои извинения.
В середине 90-х альтернативный рок в Америке начал терять популярность, но альбом Ænima все равно стал коммерчески успешным. Ведущий сингл с тем же названием в 1997 году принес группе премию Грэмми в номинации Best Metal Performance. В этой же номинации группа получила еще один приз в 2001 году за сингл “Schism” из альбома Lateralus.
В 2001 году Tool выпустила новый лонгплей Lateralus, хотя ранее было озвучено другое название – Systema Encephale. Пластинка и туры в ее поддержку приблизили музыкантов к прогрессивному и арт-року. Альбом стал успешным во всем мире, а в главном чарте Billboard 200 поднялся на первую строчку в первую же неделю с момента выпуска. Туры в поддержку альбома были очень продолжительными и помогли группе Tool завоевать новых поклонников.
В апреле 2006 года появилась композиция "Vicarious" – первый сингл для будущего студийного альбома 10,000 Days. Он вышел в мае того же года и за неделю разошелся тиражом свыше 560 тыс. копий только в США. В чарте Billboard 200 альбом поднялся на вершину, но критики оценили его хуже, чем другую успешную пластинку группы Lateralus.
Информация о следующем альбома начала появляться в 2009 году. Музыканты неоднократно говорили, что уже приступили к работе, но занимались своими личными проектами, что замедляло процесс. В январе 2013 году музыканты сообщили, что половина пути позади, а вероятной датой релиза назвали начало 2014 года. Пластинка не вышла ни в том, ни в следующем году.
В итоге релиз долгожданного альбома Fear Inoculum состоялся лишь в 2019 году, через 13 лет после выпуска предыдущей пластинки 10,000 Days. Критики и фанаты приняли его очень хорошо. В коммерческом плане лонгплей тоже стал успешным и занял первые места во многих чартах, включая Billboard 200.