Следующий альбом Bridging the Gap появился в 2000 году. Для записи песни "Request + Line" была приглашена певица Macy Gray. Обе пластинки распродались большими тиражами, а многие продюсеры заговорили о большом потенциале группы. Также были те, кто жестко критиковал музыкантов за нарушение чистоты стиля и стройности рядов. Участники даже подумывали прекратить музыкальную деятельность. Однако их поддерживало множество фанатов. Организаторы частных мероприятий часто пытались заказать выступление Black Eyed Peas.
Произошедшая 11 сентября 2001 года трагедия подтолкнула музыкантов продолжить карьеру. Они изначально стремились объединить разные культуры и музыкальные идеи, а после сентябрьских событий решили, что нужно вновь выступить с призывом к объединению. Участник коллектива will.i.am написал композицию "Where Is The Love?", которая вдохновила коллег на работу над новым альбомом.
В 2002 году в группе появился еще один участник – вокалистка Fergie, настоящее имя которой Стейси Фергюсон. С этого момента в названии коллектива появился артикль The, и началось восхождение на вершину шоу-бизнеса.
В начале лета 2003 года состоялся релиз третьего полноценного альбома Elephunk, в который попали громкие хиты "Let's Get It Started", "Hey Mama", "Where Is the Love?" и "Shut Up". Альбом разошелся тиражом в 8,5 миллионов копий. В следующем году The The Black Eyed Peas отправились в тур в поддержку пластинки по Европе и Азии.
Четвертый альбом появился в 2005 году. Это был Monkey Business. В него попали песни "Pump It", "Don’t Lie", "My Humps" и другие хиты. В марте перед туром появился сборник ремиксов Renegotiations: The Remixes, в который попали композиции из предыдущего альбома, а для создания качественных ремиксов были приглашены знаменитые рэперы.
В 2006 году начали появляться слухи о возможном распаде коллектива, так как у каждого участника были свои сольные проекты. Они были вскоре опровергнуты рэпером will.i.am, который давал интервью на MTV. Также он объявил о скором выходе новой пластинки The E.N.D (Energy Never Dies), которая должна была появиться в конце 2008 года, но релиз задержался до 2009.
В 2010 году группа на церемонии вручения Grammy была удостоена трех наград. В том же году вышла следующая пластинка The Beginning, при работе над которой музыканты использовали новые звучания и технологии.
В 2011 году было объявлено о временной творческой паузе, а воссоединение произошло лишь спустя пять лет, 8 апреля 2016. Об этом сообщил will.i.am, заявив о начале работы над следующим диском.
В 2018 году вышел первый за 7 лет сингл, записанный без Fergie. Это была песня "Street Livin’". В феврале вокалистка официально покинула состав группы, а на ее место взяли Jessica Reynoso из филиппинской версии телешоу «Голос». Вместе с новой вокалисткой The Black Eyed Peas выпустили в 2018 году новый альбом Masters of the Sun Vol. 1 и отправились в турне в его поддержку.
